MT4になってからいろいろと変わりすぎですよね。自分も研究室サーバのBlogを運営していますがどうにもまだ慣れずに使いづらいです。
一度パーミッション周りを全部一から再設定してみたら一部機能（StyleCatcherプラグインなど）が動くようになったのでその辺でしょうか…。

僕のところでは、テンプレートを一から生成し直して何とかなりました。

一時ははてなダイアリーに移行しちゃおうかなんて考えた瞬間もありましたが、何とか無事に乗り切れました。